Nachwachsende Rohstoffe stehen nicht automatisch für eine nachhaltige Energiegewinnung. Daher schwelt rund um die Bioenergie nach wie vor eine Debatte, inwieweit diese Form der erneuerbaren Energien dem Nachhaltigkeitsprinzip entspricht. Kern dieser Diskussion ist zumeist die Aussage der Bundtland-Kommission aus dem Jahr 1987: „Nachhaltige Entwicklung ist eine Entwicklung, die die Bedürfnisse der Gegenwart befriedigt, ohne zu riskieren, dass künftige Generationen ihre eigenen Bedürfnisse nicht befriedigen können.“
Umweltschützer konzentrieren sich diesbezüglich ausschließlich auf den ökologischen Aspekt. Eine nachhaltige Lebensweise ist allerdings nur dann gewährleistet, wenn ökologische, ökonomische und soziale Ziele Hand in Hand gehen. Das gilt auch für die Bioenergie. Daraus ergeben sich mitunter Differenzen. Denn der Umweltschutz als ökologische Komponente deckt sich nicht zwangsläufig mit den Zielen, Arbeitsplätze zu schaffen (ökonomisch) und die Welternährung zu verbessern (sozial).
Dass Kritik laut wird, weil Regenwälder abgeholzt werden oder Äcker nur noch für den Anbau von Energiepflanzen genutzt werden, ist nachvollziehbar. Hier gilt es, ein gesundes Gleichgewicht zu finden. Zu bedenken ist dabei, dass Bioenergie nach wie vor ein weites Forschungsfeld ist. Welche Optionen bestehen, wie die Anlagen der Zukunft aussehen und welche Materialien Energie liefern, lässt sich im Moment nur erahnen. Die Nachhaltigkeitsdebatte sorgt zumindest dafür, dass aus Fehlern gelernt wird.
Zuständig dafür, dass die aktuell geltenden Gesetze und Richtlinien in der Bundesrepublik eingehalten werden, ist die Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung. Sie zeichnet dafür verantwortlich, dass die Nachhaltigkeitskriterien der Richtlinie 2009/28/EG (die sogenannte Erneuerbare-Energien-Richtlinie) umgesetzt werden. Die EU bezieht sich dabei sowohl auf die Herstellung als auch die energetische Nutzung von Biomasse, ob flüssig, fest oder gasförmig. Die Vorgaben dazu finden sich in der Biokraft- und der Biomassestrom-Nachhaltigkeitsverordnung (Biokraft-NachV und BioSt-NachV).